La sede del Centro Nacional de Energías Renovables fue galardonada en octubre del año 2006 como uno de los mejores edificios presentados durante la celebración de la Conferencia Internacional Sustainable Building, celebrado en Tokio. Este reconocimiento lo recibieron también los otros 3 edificos que fueron seleccionados por el Green Building Challenge España.

Para la concesión de este premio se tuvieron en cuenta los aspectos energéticos y medioambientales, así como los relacionados con la calidad arquitectónica de los edificios.

Los miembros del jurado, entre los que se encontraban prestigiosos arquitectos como Richard Rogers y Jayme Lerner, destacaron los edificios presentados por España y especialmente el de CENER, por delante de los presentados por parte de los otros países finalistas del concurso: Alemania, Italia, Japón y Corea.

Como paso previo a la feria nipona, la sede del CENER fue elegida en diciembre de 2003 entre los cuatro edificios que han representado a España en este certamen por un comité de expertos del Ministerio de Vivienda y del Consejo Superior de Colegios de Arquitectos de España.

Los edificios seleccionados fueron evaluados por el Equipo de Trabajo con el programa VERDE, CASBEE y GBTOOL.

El edificio CENER recibió el Premio CONSTRUMAT 2005 de Edificación, durante un acto celebrado en Barcelona. El jurado, presidido por la conocida arquitecta Carmen Pinós, que estaba también formado por: Marçal Roig i Espígul y por Joan Gallostra i Isern, consideró otorgar el Premio a la sede del CENER "Por ser una brillante demostración de la viabilidad de integración de soluciones energéticas sostenibles en un edificio de gran calidad arquitectónica y constructiva, en el que se aprovechan al máximo las condiciones naturales del entorno para acondicionar los espacios interiores, y se encajan perfectamente los diferentes elementos tecnológicos innovadores, resultando un edificio armónico, funcional y muy representativo".

También recogieron sus galardones HM Compañía General de Construcción SA en calidad de constructora del edificio y el equipo técnico facultativo: César Ruiz-Larrea, Luis Miquel Suárez-Inclán, Antonio Gómez; Arquitectos: José Luis Sola, Arturo Pérez; Arquitectos Técnicos: Gycsa-Coimar; Ingenieros consultores: Otep Internacional SA.